Mbwana Aly Samatta est le sixième d’une famille de sept enfants, fils de policier2.
Il évolue à l’African Lyon FC lorsqu’à l’âge de 18 ans il est repéré par l’entraîneur zambien Patrick Phiri (en) du Simba SC, où il inscrit 13 buts en 25 matchs. L’année 2011 voit ses premières sélections en équipe nationale, et il rejoint ainsi le Tout Puissant Mazembe, alors l’un des meilleurs clubs du continent.
En 2015, entraîné par Patrice Carteron, il remporte le Ligue des champions africaine en terminant meilleur buteur de la compétition avec huit buts inscrits. La finale de la compétition se joue en match aller-retour. Il inscrit un but à l’aller ainsi qu’un autre au retour (tous deux sur penaltys) ce qui permet à son équipe de remporter la finale de la compétition contre l’USM Alger sur un score cumulé de 4-13.
Il est le premier Tanzanien à remporter le trophée de meilleur joueur opérant en Afrique en 2015 de la Confédération africaine de football4.
Il signe un contrat de quatre ans et demi au KRC Genk le 29 janvier 20165.